基于GEO数据库的复发性阿弗他溃疡转录组数据挖掘

郑登榕¹ 陈海文² 林瑞莹³

1.福建医科大学附属协和医院平潭分院口腔科福建平潭 350400 2.福建卫生职业技术学院福建福州 350101 3.厦门医学院福建厦门 361023

摘要：复发性阿弗他溃疡（recurrent aphthous ulcer，RAU）是常见的致病机制未确的口腔黏膜疾病。本研究基于LIMMA、KEGG分析、GSEA分析和CIBERSORT免疫浸润等生物信息学方法分析GEO数据库来源的基因芯片数据集GSE372565，从而探究RAU的关键致病细胞生物途径。研究示，RAU组织和非RAU组织（正常组织和健康组织）相比，其差异基因主要为MMP1、CXCL11、MMP3、DEFB4A、CXCL10等，其KEGG差异富集条目主要为细胞因子-细胞因子受体相互作用、与细胞因子-细胞因子受体相互作用的病毒蛋白、金黄色葡萄球菌感染，其CIBERSORT免疫浸润细胞主要为M1巨噬细胞、γδ T细胞和活化CD4+记忆T细胞等。RAU组织和正常组织相比，其GSEA主要富集在自然杀伤细胞介导的细胞毒性、B细胞受体信号通路和内吞作用等条目，RAU组织和健康组织相比，其GSEA主要富集在烟酸和烟酰胺代谢、抗原处理和呈递和生产IGA的肠道免疫网络等。以上结果表明，RAU致病细胞生物途径可能为 M1巨噬细胞、γδ T细胞和活化CD4+记忆T细胞等参与的MMP1和CXCL11等分子介导的细胞因子-细胞因子受体反应的一系列细胞免疫过程。

关键词：复发性阿弗他溃疡；差异表达基因；富集分析；功能注释；生物信息学

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